近来发生了数起离奇的失踪事件——在雨夜听到笼目歌谣的女孩相继行踪不明鬼太郎发现失踪者是中了蛇女的诅咒。女高中生比良本枫也中了此咒，生命濒危，鬼太郎以及同伴们和她一起踏上了解咒之旅。在妖怪图书馆的掌管者文车妖妃的帮助下，众人查知只有集齐三件上古乐器，举行护人囃子之仪才能封印蛇女。于是，一行人分头前往古地图上记载的“天”、“地”、“海”三处，寻找乐器。鬼太郎和枫去“天”——箱根的神山；猫女和鼠男去“地”——高尾山；撒沙婆婆和子泣爷爷去“海”——三浦半岛的海面。 旅途中，随着咒语发作期限的逼近，枫对自己的命运感