「思い出して、翅（はね）があったころのことを」rn　　1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。rn　　太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！rn　　湘南の海に浮かぶ小島、江の島。rn　　美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。rn　　学園には、全国から優秀な子どもが集められ、rn　　最新の機器を使った英才教育が施されていた。rn　　特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、rn　　感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、rn　　謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。rn　　戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。rn　　「想星合体！　GO、アクエリオン！」rn　　繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。rn　　宿命を背負った少年少女は、rn　　得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...